建筑工程系成立于2008年，是学校最具特色的重点系部之一，目前设有土木工程、工程管理和风景园林3个专业，以培养从事工程施工和工程造价、项目管理、景观设计等工作的应用性、职业型的创业者为目标，近年来进行“FT课程建设模式”探索和实践教学改革，极大地提升了人才培养质量。

建筑工程系拥有一支理论基础扎实，教学和实践经验丰富，年龄结构合理的师资队伍，部分教师拥有注册监理工程师、全国二级建造师等执业资格，具有企业经验教师占50%以上，打造了一支“双师双能型”师资队伍。

为落实“政校企合作、产学研融合、教学做合一”的人才培养模式，建筑工程系与南通市达欣工程股份有限公司、中铁四局集团路桥工程有限公司等公司合作成立土木建筑工程实验中心，已形成以“加强基础、提倡创新、重在应用，多层次、多模块、开放性”为实验教学体系。现有虚拟仿真（BIM）实训室、建材实验室、材料力学实验室、土工实验室、制图实训室、植物实验室等12个实验（训）室。